Панель навигации во многом похожа на панель навигации почтового сервиса. В ней отображаются несколько папок, каждая из которых содержит волны. Одна волна может находится сразу в нескольких папках. В первой папке «Inbox», находятся новые волны. Здесь отображаются всегда самые свежие сообщения от ваших друзей. В папке «All» находятся все волны, в которых вы участвуете. Эта самая большая папка в этом списке. В папке «Requests» будут отображаться волны, в которые вы будете добавлены пользователями, не находящимися в вашем списке контактов. Здесь вы сможете согласится в участии обсуждения или отклонить приглашение. Любую волну можно одним кликом мыши отметить как спам, для это необходимо нажать кнопку «Spam», находящуюся на панели волн. Волна, которая оказалась нежелательной рекламой, будет удалена из прежней папки и перемещена в папку «Spam». В папке «Settings» вы сможете настроить свой аккаунт. Папка «Trash» представляет собой подобие «Корзины», куда будут перемещаться удаленные файлы. Такая простая структура позволяет пользователю быстро находить нужную волну и приступить к её обсуждению. Также необходимо сказать и о возможности перемещения папок в панели навигации. Для этого служит раскрывающееся меню и кнопки «Move up» и «Move down». Пользователям Google Wave также предоставлена возможность выделять папки цветом. В таком случае волны, находящиеся в этих папках также будут выделены и их будет проще найти. К примеру, выберем для папки «Inbox» красный цвет. Затем откроем <b>...</b>